慶應(yīng)義塾大學(xué)面向本科生教育的10個學(xué)部是：文學(xué)部、經(jīng)濟(jì)學(xué)部、法學(xué)部（法律學(xué)科，政治學(xué)科）、商學(xué)部、醫(yī)學(xué)部、理工學(xué)部、綜合政策學(xué)部、環(huán)境信息學(xué)部、護(hù)理醫(yī)療部、藥學(xué)部。另外還有日本大學(xué)中規(guī)模較大的函授部。
慶應(yīng)義塾大學(xué)研究生院設(shè)有文學(xué)研究科、經(jīng)濟(jì)學(xué)研究科、法學(xué)研究科（法律，政治）、社會學(xué)研究科、商學(xué)研究科、醫(yī)學(xué)研究科、理工學(xué)研究科、政策傳媒研究科、經(jīng)營管理研究科、健康管理研究科、藥學(xué)研究科、系統(tǒng)設(shè)計管理研究科、媒體設(shè)計研究科、法務(wù)研究科（法科大學(xué)院）等14個研究科。
慶應(yīng)義塾大學(xué)研究所有：語言教育研究所、新聞研究所、經(jīng)濟(jì)研究所、斯道文庫（東亞文化研究所）、體育教育研究所、計算機(jī)教育研究所等，此外還有語言視聽教育中心、電腦中心、師資培訓(xùn)中心、福澤諭吉研究中心（現(xiàn)代日本研究中心）、體育醫(yī)學(xué)研究中心、電子顯微鏡研究室和地域研究中心等全校共同使用的研究設(shè)施。